Il Santuario di San Michele Arcangelo, a Monte San'aAngelo, fa parte del sito seriale Italia Langobardorum, centri di potere e di culto (568-774 d.C.), comprendente sette luoghi densi di testimonianze architettoniche, pittoriche e scultoree dell'arte longobarda la cui candidatura alla Lista die parimoni dell'Umnaità dell'Unesco è stata accettata nel marzo 2008.
Secondo la tradizione, il santuario ha origine nel 490, anno della prima apparizione dell'Arcangelo Michele sul Gargano.
A partire dal 650 l'area garganica, nella quale sorgeva il santuario, entrò a far parte dei domini longobardi, direttamente soggetta al Ducato di Benevento. Il popolo germanico nutriva una particolare venerazione per l'arcangelo Michele, nel quale ritrovavano le virtù guerriere un tempo adorate nel dio germanico Odino, e già a partire dal VII secolo considerarono il santuario garganico il santuario nazionale dei Longobardi. Presto San Michele Arcangelo divenne il principale centro di culto dell'arcangelo dell'intero Occidente, modello tipologico per tutti gli altri. Il santuario fu oggetto del mecenatismo monumentale sia dei duchi di Benevento, sia dei re installati a Pavia, che promossero numerosi interventi di ristrutturazione per facilitare l'accesso alla grotta della prima apparizione e per alloggiare i pellegrini. San Michele Arcangelo divenne così una delle principali mete di pellegrinaggio della cristianità, tappa della Via Sacra Langobardorum che conduceva in Terra Santa.
Dopo la caduta del Regno longobardo (774) il santuario conservò la propria importante funzione all'interno della Langobardia Minor, sempre nell'ambito del Ducato del Benevento che in quello stesso 774 si elevò, per iniziativa di Arechi II, al rango di principato; quando anche Benevento cadde, nel corso dell'XI secolo, di San Michele Arcangelo si preso cura prima i Normanni, poi gli Svevi e gli Angioini, che si legarono a loro volta al culto micaelico e intervennero ulteriormente sulla struttura del santuario, modificandone la parte superiore e arricchendolo di nuovi apparati decorativi.
Nel corso dei secoli milioni sono stati i pellegrini che si sono recati in visita alla Celeste Basilica. Tra di essi numerosi papi; anche San Francesco d'Assisi si è recato in visita a san Michele Arcangelo, ma non sentendosi degno di entrare nella grotta, si è fermato in preghiera e raccoglimento all'ingresso, baciando la terra e incidendo su una pietra il segno di croce in forma di "T" (Tau).
La struttura del Santuario risulta essere costituita da un livello superiore e da uno inferiore. Al livello superiore sono presenti il portale romanico e il campanile (chiamato anche torre angioina in quanto fu eretta da Carlo d'Angiò come ringraziamento a san Michele per la conquista dell'Italia meridionale) modellato secondo lo schema delle torri di Castel del Monte.
Il livello inferiore comprende la grotta, alla quale si accede direttamente dalla scalinata angioina, il museo devozionale e le cripte. La statua del Santo in marmo di Carrara fu scolpita da Andrea Sansovino ed è datata1507. La grotta presenta al suo interno, oltre la statua del Santo, la cattedra episcopale e la statua di San Sebastiano. Le cripte si trovano in ambienti di età longobarda e servivano da entrata alla grotta. Vengono definitivamente abbandonate nel XIII secolo. Le iscrizioni lungo le pareti delle cripte, in alcuni casi a caratteri runici, testimoniano il notevole afflusso dei pellegrini provenienti da tutta l'Europa fin dall'epoca longobarda. Le cripte si sviluppano in due ambienti e in due fasi che fanno datare le costruzioni tra la fine del VII e l'inizio dell'VIII secolo. La prima parte delle cripte ha la forma di una galleria porticata, articolata in otto campate rettangolari. In questo ambiente sono stati esposte sculture provenienti principalmente dagli scavi del santuario. La seconda parte delle cripte è di epoca longobarda e presentava due scale (una delle quali è andata distrutta) che terminavano con una piccola platea con un abside e un altare con numerose iscrizioni.